山东财经大学中国国际低碳学院是理事会领导的院长负责制，由理事会，顾问委员会、学术委员会三大机构构成。

理事会是国际低碳学院的最高决策机构，对学院重大事项进行研究、讨论和审批。理事长由山东财经大学校长赵忠秀教授担任，并邀请十届全国人大财政经济委员会副主任委员、原国务院三峡工程建设委员会副主任委员、中国低碳经济发展促进会创会主席郭树言同志为理事会名誉理事长。首届理事会由举办者山东财经大学校长、中国低碳经济发展促进会主要负责人、学院顾问委员会推举代表、地方政府代表及共建单位等组成。

顾问委员会是国际低碳学院战略发展和重大决策的咨询机构，由在学术和教育管理方面享誉的著名学者组成。顾问委员会主席邀请十一届全国政协副主席陈宗兴同志担任，并邀请德高望重的部级领导、国务院参事、全国人大代表以及知名企业家担任顾问。

学术委员会是学院的最高学术机构，负责学术事务的决策、审议、评定和咨询等事项，遵循学术规律，尊重学术自由、学术平等，鼓励学术创新，促进学术发展和人才培养，提高学术质量保障教师、科研人员和学生在教学、科研和学术事务管理中充分发挥主体作用，促进学院科学发展。第一届学术委员会主任由中国科学院院士费维扬教授担任。并邀请业内知名的能源、环境、化工及政策管理等领域专家学者担任委员。工业和信息化部节能与综合利用司原副司长、中国电子节能技术协会理事长黄建忠担任学术委员会执行主任。